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El Museo fue creado en 1957 por el Dr. Jesús Isamat Vila (Olot, 1895-Barcelona, ​​1981), con el nombre de Biblioteca - Museo de Historia de la Farmacia Catalana, que lo consideró, a todos los efectos, como un "anexo auxiliar" del entonces seminario de historia de la Farmacia. Sus instalaciones, conjuntamente con las del nuevo edificio que alojaría, a partir de ese momento, la Facultad de Farmacia de la Universidad de Barcelona en el campus de Pedralbes, fueron inauguradas en el curso académico 1957-1958.
El museo ideado por Isamat inscribía en la tradición ilustrada de los museos de ciencia existentes en las universidades más importantes de Europa y los EE.UU.
Sin embargo, alejándose de los rasgos novecentistas de algunas de estas instalaciones, quiso dotar a la Facultad de Farmacia de Barcelona de un museo de carácter universitario, opuesto a la idea de "hileras interminables de ejemplares muy bien ordenados .. . pero sin alma ... simple depósito de mariposas ". Ideado para ser abierto y dinámico, el alumno encontraría en el Museo un lugar para trabajar que, dedicado exclusivamente a la historia de la evolución de una importante tarea humana: la del arte de preparar medicamentos, fuera más allá de la pura evocación y tratara "más de ideas que de objetos".
Con el paso del tiempo, su legado ha ido enriqueciendo con adquisiciones puntuales y donativos altruistas, hasta alcanzar un fondo histórico de más de dos mil objetos, sin considerar en este recuento la recopilación de especialidades farmacéuticas antiguas, la más numerosa de las colecciones que, junto con los carteles de publicidad farmacéutica, son dos de las más emblemáticas del Museo.
La falta de espacio para ejercer las funciones docentes y de divulgación para las que fue creado y las pocas o nulas perspectivas de ampliación que se le ofrecen, ha llevado el Museo a instalar parte de sus escaparates en pasillos y escaleras de la Facultad. Por necesidad, se ha visto obligado a seguir la más avanzada de las tendencias museísticas, y salir al encuentro de su público natural, incorporándose a la vida cotidiana de alumnos y profesores de tal modo que, si bien difícilmente suben los seis pisos (sin ascensor) para visitarlo, el museo los recibe a cada uno de los rellanos de la Facultad.